Ačkoliv sólová dráha Jona Andersona čítá bezmála tři dekády, přesto stojí poměrně ve stínu jeho kariéry jakožto frontmana skupiny Yes. Už od konce šedesátých let je spjat s touto bezpochyby originální formací, a je tedy až s podivem, že jeho první sólový projekt uzřel světlo světa až v roce 1976.

Ale vezměme to pěkně po pořádku. Vše začalo 25. října 1944, kdy se Albertovi a Kathleen Andersenovým narodil syn John Roy Anderson. Do školy chodil v rodném Accringtonu, a již odmalička byl považován za šťastného a bystrého chlapce. Už v 10 letech zakládá svoji první kapelu, ve které hraje na valchu. Na fotbalových zápasech se projevuje jako vůdčí a organizátorský typ, a zde si také poprvé zazpívá do mikrofonu. V roce 1959 mu těžce onemocní otec, a tak je Jon ve svých 15 nucen opustit školu, a pomáhat živit rodinu. Rozváží cihly, a nějaký čas i mléko. Během rozvážení poslouchá hudbu, která ovlivní jeho budoucí hudební kariéru. Je to především Elvis Presley nebo The Everly Brother. V roce 1962 se stává členem skupiny s názvem The Warriors, kde se poprvé dostává ke zpěvu, spolu se svým bratrem Tonym. Zde stojí za zmínku, že v kapele se oběvuje krom jiných i pozdější bubeník King Crimson Ian Wallace. V roce 1964 vydávají singly You Came Along a Don´t Make Me Blue. Díky jiným závazkům se jim nepodaří vydat další nahrávku a Jon nakonec o tři roky později během koncertování v Německu skupinu opouští. V roce 1968 vydává pod jménem Hans Christian singl, se skladbami Never My Love a The Autobiography Of Mississippi Hobo. Stihne ještě účinkování ve skupině Gun a nakonec se v létě potkává s basistou Chrisem Squirem se kterým krátce hraje v jeho skupině Mabel Greer's Toyshop, aby po několika měsících založily již zmiňované uskupení Yes.

Skupina vydává roku 1969 album s názvem Yes, které koncem roku vychází i v Usa. Hodně koncertují po Evropě, a když roku 1970 natáčejí své druhé album Time and the Word už s novým kytaristou Stevem Howem, střihne si Jon Anderson malé kameo na albu Lizard skupiny King Crimson která nahrávala poblíž. Rok na to vydávají svou třetí desku The Yes Album, a skupinu opouští klávesista Tony Kaye a místo něj přichází klávesový virtuóz Rick Wakeman. S ním natáčejí své čtvrté album Fragile, které vychází roku 1972, a na němž je již jasně definován směr skupiny. Steve Howe má na Jona silný vliv, a spolu také začnou psát věci na své připravované album Close to the Edge které na sebe nenechá dlouho čekat. Kapelu opouští bubeník Bill Bruford, a místo něj nastupuje Alan White, který je v kapele až dodnes.
Skupina pořádá velké turné po Japonsku, Austrálii, Novém Zélandu a Usa. Během turné je Jon inspirován knihou Paramhansa Yogandy Autobiografie Yogi a spolu se Stevem Howem začíná připravovat čtyři skladby, které mají být základem jejich šestého alba. Zde se také projeví Jonův vůdčí potenciál. Spoluhráči dnes vzpomínají, jak studio vyzdobil slámou, a umělými zvířaty, aby vytvořil přírodní atmosféru. Album s názvem Tales from Topographic Oceans vychází v listopadu 1973 výrazně předznamenává Jonovu pozdější sólovou tvorbu. Následné turné a ponorková nemoc, spolu rozdílnými hudební názory vedou k tomu, že skupinu opouští Rick Wakeman který má před sebou navíc slibnou sólovou kariéru. Jeho místo zaujímá Patrik Moraz a spolu s ním natáčejí již sedmé album Relayer, které je dost velkým odklonem od jejich dosavadní tvorby.
Na jaře roku 1975 Jon zpívá ve skladbě So Long Ago, So Clear z alba Heaven and Hell řeckého multiinstrumentalisty Vangelise. Spolu s ním pak spolupracuje ještě řadu let. Ovlivněn Vangelisem nahrává Jon Anderson své první sólové album s názvem Olias of Sunhillow. Je pro něj dost významným počinem, protože si veškeré nástroje nahrával sám. „Být schopný po všech těch letech o sobě mluvit jako o muzikantovi, bylo pro mě velkým zadostiučiněním. Cítil jsem se spokojený a požehnaný. Hodiny a hodiny jsem pracoval na Oliasovi. Měl jsem jasnou vizi, jak by mělo album vypadat a znít. Nedávno jsem ho znovu poslouchal a stále zní krásně a živě.“ komentuje dnes Jon svůj první počin. Skupina se přesouvá do studií ve švýcarském Montrealu aby zde natáčela své nadcházející album Going for the One. Během nahrávání skupinu opouští Moraz, a tak trochu léčkou se jim podaří nalákat Ricka Wakemana zpět do kapely. Album vzniklé z jejich spolupráce tak trochu uzavírá jednu kapitolu této formace. Jejich další nahrávka Tormato z roku 1978 však znamená na řadu let Jonovu poslední spolupráci s Yes. Díky neshodám ohledně hudebního směřování Jon skupinu opouští a věnuje se spolupráci s Vangelisem.

Na jaře roku 1980 spolu vydávají první album už jako Jon & Vangelis s názvem Short Stories. Ještě koncem téhož roku vydává svůj druhý sólový počin Song of Seven, ke kterému přizval několik muzikantů zvučných jmen. Zakládá skupinu s názvem The New Life Band a vydává se na turné po Anglii a Skotsku. Následuje dálší album s Vangelisem The Friends of Mr.Cairo. Jon se objevuje jako zpěvák na sólovce Ricka Wakemana s názvem 1984, a připravuje nový materiál pro album Animation, které vychází začátkem roku 1982. Na následném turné po spojených státech nechá zaznít nejen skladby z jeho desek, ale i klasiku jako je Close to the Edge. Začátkem roku 1983 vydává Jon v pořadí třetí album s Vangelisem které nese název Private Collection. Krátce na to ho navštěvuje Chris Squire a přehrává mu demo nahrávky které nahrály spolu s kytaristou Trevorem Rabinem. Jonovi se zdá nový materiál dobrý, a souhlasí s tím že se na něm bude podílet jako zpěvák. Yes se znovu formují a spolu s producentem Trevorem Hornem nahrávají album s názvem 90125. Singl z něj s názvem Owner of a Lonely Heart se stává vůbec poprvé v historii skupiny jedničkou v hitparádách. Z Yes se stávají popové hvězdy a pořádají roční turné na podporu alba. V roce 1985 se Jon objevuje na soundtracku k filmu Ridleyho Scotta Legend který složila skupina Tangerine Dream, se kterou se všek nikdy nesetkal. Následuje spolupráce s John Paul Jonesem na soundtracku k filmu Scream for Help. Vydává další sólové album 3Ships. Práce na nové desce Yes která ponese název The Big Generator jde však mimo něj. Roku 1987 potkává Floru Nomi známou jako „Duchovní matka“, která ze základu mění jeho pohled na život. Jon nazpívá vokály na albu Seventh One skupiny Toto, a právě většina muzikantů z této formace se objevuje na jeho následující sólové desce In the City of Angels. Po skončení turné Big Generator s Yes zjišťuje Jon, že naráží na nepochopení ze strany Trevora Rabina a Chrise Squirea a opouští skupinu.

Spolu s bývalými členy skupiny Yes, Billem Brufordem, Rickem Wakemanem a Stevem Howem zakládají kvarteto s prostým názvem Anderson Bruford Wakeman Howe, zkráceně též ABWH a natáčejí album které spatří světlo světa začátkem roku 1989. Jon zase pevně svírá otěže a následuje vyprodané turné. Bohužel nic netrvá věčně, a tak po čase nastávají opět neshody. V roce 1991 ještě dojde na projekt Union, na kterém se setkají na jednom albu a následně i na turné všichni dosavadní členové skupiny Yes. Koncem roku se dostává i na poslední spolupráci s Vangelisem. Album nese název Page of Life a jeho vznik doprovází neshody manažerů obou protagonistů. V polovině roku 1992 spolupracuje s Japonským představitelem new age Kitarem. Album Dream doprovází turné po Usa, Japonsku a Thajsku kde zahrají i pro zdejší královnu. Po pár zahřívacích vystoupeních v Kalifornii vyráží Jon na turné se svými dcerami po Karibiku a Jižní Americe. 8 července 1993 potkává svou budoucí ženu Jane Luttenberger, následně se přidává k Yes a ve složení Rabin, Square, White a Kaye nahrávají desku Talk, která vychází začátkem roku 1994. Ještě téhož roku mu vychází sólovka Deseo na kterém se hodně projeví vliv latinsko americké hudby, následovaná albem Change We Must kde se představí původní kompozice spolu se staršími pracemi ať už s Yes nebo Vangelisem zpracovanými spolu s orchestrem. Koncem roku 1995 vydává značně esoterické album Angels Embrace a následně pak desku Toltec.
Yes se střídavě potýkají s problémy managementu a odchody a příchody Ricka Wakemana aby nakonec vydaly několik živých nahrávek pod názvem Keys to Ascension. V roce 1997 Andersonovi vychází deska The Promise Ring na níž se Jon vrací ke svým irským kořenům. Během dovolené na Havaji se svojí nastávající ženou Jane Luttenbergerovou natáčejí přímo v přírodě album EarthMotherEarth. Následuje vydání dalšího a poměrně vlažně přijatého alba Yes Open Your Eyes, které opět doplácí na chybný management. V roce 1998 natáčí Anderson další sólové album The More you Know během líbánek se svou ženou Jane v Londýně a Paříži. Krátce na to se spolu s producentem Bruce Fairbairnem a Yes vydává znovu do studia. Bruce však o pár měsíců nalézá Jon mrtvého po té, co se nedostavil do studia. Album vzniklé z jejich spolupráce vychází koncem roku 1999 a nese název The Ladder. Obsahuje i skladbu, která se objevuje v počítačové hře Homeworld. Yes se vydávají na turné, a vše začíná vycházet. Fanoušci je po celém světě vítají, a nakonec si zahrají i v legendární Albert Hall v Londýně. Anderson se objevuje na nahrávce Bely Flecka Outbound a spolupracuje s basistou Eduardo M. Del Signorem na jeho albu Captivated.
S Yes vydává kolekci studiových nahrávek Keysstudio a záznam živého vystoupení House of Yes -Live from House of Blues. V roce 2001 vzniká projekt Yessymphonic Tour, na kterém se Yes představí spolu se symfonickým orchestrem a který je v roce 2002 završen vydáním DvD se záznamem z vystoupení v Amsterdamu. Zde se také objeví skladby z jejich připravovaného alba Magnification, které vychází koncem roku 2001. Skupina od té doby prakticky nepřetržitě koncertuje. Jejich poslední turné k 35 výročí skončilo minulý rok.